مورگان در لندن از جان مورگان و همسرش هنریتا هستر کلر به دنیا آمد. پدرش یک هنرمند موفق بود که گاهی اوقات با نام «ژوری مورگان» شناخته می‌شد. در سن 14 سالگی توسط پدرش از مدرسه خارج شد و سپس به او هنر تدریس کرد. در سن 16 سالگی، در حالی که هنوز با پدرش درس می خواند، اولین اثر او، تمرین، در آکادمی سلطنتی به نمایش گذاشته شد و پس از چند سال وقفه، نقاشی های او مرتباً در آنجا به نمایش درآمد. مدتی به عنوان هنرمند پرتره برای یک عکاس آیلسبری کار کرد. این آموزش بسیار مهم بود زیرا “به او یاد داد چگونه از نزدیک مشاهده کند و بیشترین توجه را به جزئیات داشته باشد.”
سرانجام او برای هنر خود به موضوعات دیگر، به ویژه صحنه‌های سبک زندگی روستایی و دوران کودکی روی آورد. برای سال‌های متمادی، از سال 1874، توماس اگنیو و پسران تمام کارهایی را که او تولید می‌کرد خریداری کردند. در این دوره او برخی از محبوب‌ترین آثارش مانند مهمانی چای عروسک (1874)، خروج مهاجران (1875) و مدرسه بلز (1877) را نقاشی کرد. بیشتر نقاشی‌های او در روستای Shere در نزدیکی گیلدفورد کشیده شده است. او همچنین در نرماندی نقاشی کرد، از جمله استراحت در ظهر (1879) و جمع آوری سیب (1880).
مورگان اگرچه یک هنرمند پرتره عالی بود، اما در به تصویر کشیدن حیوانات خانگی و حیوانات انباری با مشکلاتی روبرو بود – او از آرتور جان السلی یا آلن سیلی (1850-1927) در این زمینه کمک گرفت.
نقاشی های او در زمان حیاتش به محبوبیت زیادی دست یافت و به طور گسترده منتشر شد. او با آکادمی سلطنتی نمایشگاه‌هایی داشت و عضو انستیتو سلطنتی نقاشان روغن (ROI) بود. در سال 1872 با نقاش دیگری به نام آلیس مری هاورز (1850-1890) ازدواج کرد. آنها سه فرزند داشتند. پسر بزرگ آنها، ولنتاین، معروف به وال هاورز، نیز به یک نقاش تبدیل شد. فردریک مورگان دو بار دیگر ازدواج کرد و از ازدواج دوم صاحب دو فرزند شد.
نقاشی های مورگان در بسیاری از گالری ها و موزه های هنری از جمله گالری هنر واکر در لیورپول و موزه راسل-کوتس در بورنموث به نمایش گذاشته می شود.
